המיקרוסקופ הינו אחד מכלי המחקר המודרני הותיקים ביותר. עקרון הפעולה של מיקרוסקופ אור הוא מאוד פשוט, ודומה לעקרון פעולת הזכוכית מגדלת. ישנן לפחות שתי עדשות המגדילות את העצם הנצפה, על ידי שבירת קרני האור העוברות דרכן. ישנם סוגים רבים של מיקרוסקופים. הנפוץ מבינהם הוא מיקרוסקופ האור.